全科科技本着盈余分享员工的理念，在公司章程上明订员工分红比率，激励员工参与的热诚。成立职工福利委员会，公司与同仁皆依规定提拨福利金，作为各项福利措施执行的经费来源。透过同仁的创意与发想，推展各项福利措施与活动，借此凝聚同仁的情谊与对公司的认同感与向心力。

全科科技提供各类保险，以保障全体员工的医疗补助、伤害抚恤、职灾补偿以促进员工劳资和谐。为安定员工退休后生活，依法订定劳工退休管理办法，针对劳退旧制员工设有劳工退休准备金监督委员会，复核劳工退休准备金提拨数额、存储支用及给付事宜，按月给付薪资总额之2%提拨劳工退休准备金，并专户储存于台湾银行。另自94年7月1日起，针对适用于劳退新制之员工，每月按薪资之6%提缴劳工退休金至劳保局员工个人帐户。同仁符合退休条件时，可依据员工退休管理办法申请，办理退休。

为增进全科科技股份有限公司员工福祉、提高员工对公司的向心力、共享企业经营成果，使员工退休后之生活获得保障，特成立全科科技股份有限公司员工持股信托委员会。会员月缴新台币一定金额作为自提金，公司按每人每月提拨之自提金5成作为补助金，并拨入信托专户。